द्वितीयक मेटाबोलाइट्स प्राकृतिक यौगिक हैं जो किसी जीव की सामान्य वृद्धि, वृद्धि या प्रजनन में सीधे तौर पर शामिल नहीं होते हैं। मुख्य मेटाबोलाइट्स के विपरीत, द्वितीयक मेटाबोलाइट्स की अनुपस्थिति तत्काल मृत्यु को प्रभावित नहीं करती है, बल्कि जीव की जीवित रहने की क्षमता, उर्वरता या सौंदर्यशास्त्र की लंबी अवधि की हानि को प्रभावित करती है, या संभवतः किसी भी संबंध में कोई महत्वपूर्ण परिवर्तन नहीं करती है। द्वितीयक मेटाबोलाइट्स नियमित रूप से फ़ाइलोजेनेटिक समूह के भीतर प्रजातियों के एक पतले समूह तक ही सीमित होते हैं। द्वितीयक मेटाबोलाइट्स अक्सर पौधों की सुरक्षा में शाकाहारी और अन्य अंतरजातीय सुरक्षा में प्रमुख भूमिका निभाते हैं। लोग द्वितीयक मेटाबोलाइट्स का उपयोग दवा उपचार, स्वाद और मनोरंजक औषधीय दवाओं के रूप में करते हैं। पौधों की उत्पत्ति से प्राप्त अधिकांश पॉलीफेनॉल न्यूट्रास्यूटिकल्स को आंतों में परिवर्तन का सामना करना पड़ता है, माइक्रोबायोटा और एंटरोसाइट एंजाइमों द्वारा, एंटरोसाइट और कोलोनोसाइट स्तरों पर अवशोषित होने के एक तरीके के रूप में। यह ग्राहक के भीतर विविध अमूल्य प्रभावों को ऊपर की ओर बढ़ावा देता है, जिसमें वायरस, बैक्टीरिया और प्रोटोजोआ परजीवियों के खिलाफ सुरक्षा प्रभावों की एक विशाल श्रृंखला शामिल है। सेकेंडरी मेटाबोलाइट्स जर्नल का मुख्य फोकस प्राकृतिक विज्ञान, जैव रसायन और पादप विज्ञान के क्षेत्र में है।
सेकेंडरी मेटाबोलाइट्स कृषि विज्ञान, पोषण, कार्बोहाइड्रेट रसायन विज्ञान, कृषि और जैव विविधता अनुसंधान, एकीकृत पादप जीव विज्ञान, प्राकृतिक उत्पाद रसायन विज्ञान और अनुसंधान, औषधीय रसायन विज्ञान, जैव रसायन और फार्माकोलॉजी से संबंधित पत्रिकाएँ ।