युग्मित-अंत अनुक्रमण को टुकड़े के दोनों सिरों को अनुक्रमित करने और उच्च अनुक्रम डेटा उत्पन्न करने की प्रक्रिया के रूप में परिभाषित किया गया है। युग्मित-अंत अनुक्रमण जीनोमिक पुनर्व्यवस्था, दोहराव अनुक्रम तत्वों, जीन संलयन और उपन्यास प्रतिलेखों का पता लगाता है। चूँकि युग्मित-अंत रीड्स के संदर्भ के साथ संरेखित होने की अधिक संभावना होती है, इसलिए संपूर्ण डेटा सेट की गुणवत्ता में सुधार होता है। सभी इलुमिना एनजीएस (अगली पीढ़ी अनुक्रमण) सिस्टम युग्मित-अंत अनुक्रमण में सक्षम हैं। युग्मित-अंत डीएनए अनुक्रमण रीडिंग दोहराए गए अनुक्रमों वाले डीएनए क्षेत्रों में बेहतर संरेखण प्रदान करती है, और सर्वसम्मति अनुक्रम में अंतराल को भरकर डे नोवो अनुक्रमण के लिए लंबे समय तक अनुक्रम उत्पन्न करती है।
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