अनुक्रमण प्राइमरों को लघु न्यूक्लिक एसिड अनुक्रमों के स्ट्रैंड के रूप में परिभाषित किया गया है जो डीएनए संश्लेषण के लिए शुरुआती बिंदु के रूप में होता है। यह डीएनए पोलीमराइजेशन और डीएनए प्रतिकृति के लिए आवश्यक है। पोलीमरेज़ प्राइमर के 31-अंत से शुरू होता है और विपरीत स्ट्रैंड की प्रतिलिपि बनाता है। प्राइमर अनुक्रम उस क्षेत्र के लिए अद्वितीय होना चाहिए जिसे आप अनुक्रमित करना चाहते हैं और यह सही ओरिएंटेशन में होना चाहिए। इसमें अवांछनीय स्व-संकरण नहीं होना चाहिए। आम तौर पर, ऐसे प्राइमर जो आपस में चार या अधिक लगातार बंधन बना सकते हैं, स्व-संकरित प्राइमर कहलाते हैं।
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